Les trois influences littéraires majeures qu'a reconnues Philip Pullman sont l'essai Du Théâtre de Marionnettes  de Heinrich von Kleist, les travaux de William Blake, et surtout, Le Paradis perdu de John Milton duquel le titre de sa trilogie (en anglais : His Dark Materials) et beaucoup d'idées de base du livre viennent. L'idée de Pullman était d'inverser l'histoire de Milton d'une guerre entre le Ciel et l'Enfer. Dans son introduction, il adapte pour plaisanter, la célèbre phrase de William Blake qu'il (Pullman) "is of the Devil's party and does know it." ( En français : Il (Pullman) est du parti du Diable, et le sait très bien). Le roman se repose aussi énormément sur les idées gnostiques et sa trilogie À la croisée des mondes a été le sujet de nombreuses controverses, en particulier de la part de certaines organisations chrétiennes.[réf. nécessaire]
 
L'œuvre évoque largement la Chute décrite dans la Genèse. Pour Pullman, le choix de la femme de croquer dans la pomme est le bon choix, il fallait choisir la connaissance. Certains personnages tentent d'empêcher que le péché originel soit commis, mais pour Pullman c'est plus qu'inévitable : il s'agit du bon choix. Il n'y a pas de Chute, juste une évolution nécessaire qui peut être considérée comme une métaphore du passage de l'enfance à l'âge adulte, thème très cher à Pullman.
 
La chrétienté et l'Église sont souvent critiquées par les personnages. Par exemple, Ruta Skadi, un personnage mineur, appelant à la guerre contre l'Autorité et contre le Magisterium (l'autorité religieuse dans le monde de Lyra), dit que « Pendant toute l'histoire [de l'Église], [...] celle-ci a essayé de supprimer et contrôler les penchants naturels de l'humain. Et quand elle ne peut pas les contrôler, elle s'en débarrasse » (voir Intercision). Elle étend sa critique à toutes les religions organisées « C'est ce que l'Église fait, et toutes les Églises sont les mêmes : contrôler, détruire et oblitérer tous les bons sentiments ». Dans un autre passage, Mary Malone, l'un des personnages principaux, est une ancienne nonne qui a perdu la foi, affirme que « la religion chrétienne n'est rien de plus qu'une très puissante et très convaincante erreur ».
 
Cependant, Pullman a trouvé le support de chrétiens plus libéraux, notamment Rowan Williams, l'archevêque de Cantorbéry, qui réplique aux attaques des fondamentalistes que les critiques de Pullman sont concentrées sur les dangers du dogmatisme, et l'usage de la religion en tant que moyen d'oppression, pas sur le christianisme lui-même. Pullman a déclaré durant des interviews que ses arguments peuvent s'appliquer à toutes les religions et à toute forme de totalitarisme en général.
 
D'un autre côté, les détracteurs de l'ouvrage[réf. nécessaire] ont l'impression que le Dieu chrétien est décrit comme un faux dieu, ceci étant alimenté par le fait que dans la trilogie de Pullman, la « vie après la mort » se révèle être un véritable camp où sont parqués les fantômes, qui doivent subir sans arrêt les tourments de harpies farouches et cruelles, où, contrairement à la religion chrétienne, les vertueux ne sont pas séparés des pécheurs : un monde de torture créé par l'Autorité elle-même. De plus, il n'y a pas de pratique bonne ou mauvaise de la religion : tous les personnages chrétiens et religieux sont présentés comme de mauvais individus, sournois et méchants, ou ne sont montrés que sous un jour plus clément qu'après avoir coupé tout lien avec l'Église. Cynthia Grenier, une écrivaine catholique, l'interprète de cette manière : « Dans le monde de Pullman, Dieu lui-même (l'Autorité) est un tyran sans pitié, son Église est un instrument d'oppression, et le véritable héroïsme est de les renverser tous les deux ». Il faut néanmoins souligner que l'Autorité n'est pas réellement Dieu, il n'est qu'un ange se faisant passer pour Dieu. Dieu n'existe pas.
 
En termes de popularité, la trilogie est parfois comparée aux livres de Madeleine L'Engle, Un raccourci dans le temps, ou la série de Diane Duane les Jeunes Sorciers. On peut dire qu'ils s'opposent aux livres pro-chrétiens Narnia que Philip Pullman a critiqués lors de l'adaptation du premier volume au cinéma.
 
La trilogie évoque également le refus de l'autorité :
 
    * matrimoniale : lutte de Lyra à l'encontre de ses parents ;
    * légale : Lyra lutte contre les institutions telles que le Magisterium ;
    * morale : les actions ne doivent pas être gouvernées par une morale quelconque.
 
Et par le refus même de l'Autorité qui est, de par sa nature, l'être absolu, ayant un pouvoir légitime sur les Hommes.